صدر القرار الجمهوري رقم 1088 لسنة 1969 بإنشاء بعض الكليات الجديدة التابعة لجامعات القاهرة وعين شمس والإسكندرية وأسيوط ومن هذه الكليات كلية العلوم بطنطا والتي كانت فى ذلك الوقت تابعة لجامعة الإسكندرية كما صدر القرار الوزاري رقم 654 بتاريخ 22/12/1969 بتطبيق اللائحة الداخلية لكلية العلوم بجامعة الإسكندرية على كلية العلوم بجامعة طنطا وعلى أن تتكون الكلية من ستة أقسام عملية هى:

1- قــسم الرياضيات 2- قـسم الطبيعـــــة 3- قسم الكيمياء 4- قسم علم الحيوان 5- قــسم الــنبــــــات 6- قـسم الجيولوجيا وبصدور قانون تنظيم الجامعات رقم 49 لسنة 1972 أنشأت جامعة طنطا واستقلت عن جامعة الإسكندرية .

وقد بدأت الدراسة النظرية والعملية بالكلية صباح يوم السبت الموافق 11/10/1969. بمبنى مدرسة القديس لويس (إدارة الجامعة حالياً) ثم انتقلت بعد ذلك إلى مبنى كلية الطب القديم (كلية التربية حالياً) . وفى عام 1978 بدأت الجامعة فى بناء مبنى الكلية الجديد بأرض المجمع الطبي . وفى بداية العام الدراسى 1993/1994 أكتمل مبنى كلية العلوم وأصبح صرحا علمياً هائلاً يقف شامخا بمجمع الكليات العلمية كما أصبحت الكلية زاخرة بكل الإمكانيات التعليمية والبحثية، وفى يوم الأربعاء الموافق 28/7/1993 أفتتح السيد الأستاذ الدكتور / حسين كامل بهاء الدين وزير التعليم، مبنى الكلية بعد إكتمال جميع مرافقه.والتي تشغل أربعة أجنحة رئيسية ضخمة مخصصة للأقسام العلمية بمعاملها الطلابية والبحثية ومكاتب السادة أعضاء هيئة التدريس. بالإضافة إلى جناح خامس مكون من ثلاث طوابق خصص أحدهما لمكتبة الكلية وبقية الجناح مخصص لإدارة الكلية. كما توجد ورش ومخازن الكلية فى مبنى منفصل.

وأخيرا صدر القرار الوزارى رقم 1344 بتاريخ 27/10/1999 بتعديل اللإئحة الداخلية لكلية العلوم والذى نص على: تعديل مسمى شعبة الإحصاء الرياضى إلى الإحصـاء الرياضى وعلوم الحــاسب. تدريس مادة الحـاسب الآلى لجميع الفرق الدراسية وشعبها المختلفة بالكلية. تدريس مادة الحاسب الآلى فى جميع شعب الدبلومات التى تمنحها الكلية. تدريس مادة الحاسب الآلى فى جميع شعب الماجستير التى تمنحها الكلية.
السادة عمداء الكلية منذ إنشائها 1- السيد الأستاذ الدكتور/ محمد كمال العقاد أستاذ بقسم الجيولوجيا (1969-1977) 2- السيد الأستاذ الدكتور/ محمد وجدي السواح أستاذ بقسم النبات (1977-1979) 3- السيد الأستاذ الدكتور/ أحمد محمد قلقيله أستاذ بقسم علم الحيوان (1979-1981) 4- السيد الأستاذ الدكتور/ رأفت مصطفي عيسي أستاذ بقسم الكيمياء (1981-1983) 5- السيد الأستاذ الدكتور/ عبدالحميد محمد نوير أستاذ بقسم الجيولوجيا (1983-1984) 6- السيد الأستاذ الدكتور/ مصطفي أحمد السيد أستاذ بقسم النبات (1984-1990) 7- السيد الأستاذ الدكتور/ محمد المتولي غنيم أستاذ بقسم الكيمياء (1990-1999) 8- السيد الأستاذ الدكتور/ محمد عزت عبد المنصف أستاذ بقسم الرياضيات (1999-2005) 9- السيد الأستاذ الدكتور/ عزيز محفوظ كفافي أستاذ بقسم الجيولوجيا (2006- 2005) 10- السيد الأستاذ الدكتور/ ابراهيم كامل الشوربجى أستاذ بقسم علم الحيوان ( 2008-2011) 11- السيد الأستاذ الدكتور/ مصطفى محمد الشيخ أستاذ بقسم النبات (2011- 2013) 12- السيد الأستاذ الدكتور/ طارق عبدالمنعم فايد أستاذ بقسم الكيمياء 2014 حتى الآن